W pierwszym sezonie Narcos: Meksyk istniały wyraźne sojusze i wyraźna gra końcowa. Z jednej strony agent DEA, Kiki Camarena , a z drugiej młody Meksykanin, Félix Gallardo (Diego Luna). Obaj mężczyźni pracowali, aby podnieść rangę swoich organizacji, i robiąc to, narazili się sobie nawzajem. Ale to Félix przekroczył granicę, gdy spiskował, by schwytać, torturować i zabić Kiki. Ta zbrodnia zapoczątkowała zarówno wzrost, jak i upadek ekspansywnego kartelu Guadalajara. Narcos: Meksyk Sezon 2 ma bardziej meandrującą, ale nie mniej wciągającą fabułę niż jego poprzednik. Jeśli oglądałeś sezon 1 do końca to wiesz, że postać agenta DEA Kiki Camareny zginęła okropną śmiercią z rąk kartelu.
Narcos: Meksyk przybliża się do faktów z tego, co się tak naprawdę wydarzyło. Oczywiście śmierć Camareny rozpaliła ogień pod DEA i właśnie wtedy pojawia się niewidziany narrator grany przez Scotta McNairy’ego. W ostatniej scenie postać agent DEA Walt Breslin rozdaje swojemu agentowi zdjęcia z kartelu i rozpoczyna tak zwaną Operację Leyenda. Prawdziwa operacja została opisana jako największe dochodzenie w sprawie zabójstw, jakie kiedykolwiek przeprowadziła DEA. Ta operacja sprawiła, że od tego momentu agenci DEA byli prawie nietykalni. W pierwszym odcinku nowego sezonu (Narcos: Meksyk S02E01) Walt i jego współpracownicy zajmujący się egzekwowaniem narkotyków porywają lekarza w Meksyku. Następnie przemycają go z powrotem do Stanów Zjednoczonych. Tutaj jest sądzony i skazany za udział w zabójstwie Kikiego.
Walt kontynuuje narrację i edukację na temat machinacji politycznych w Ameryce i Meksyku, które pozwalały, zachęcały i czerpały zyski z tych operacji. Cień Kiki (Michael Peña) wisi nad sezonem 2, ponieważ działania Félixa, które zwrócił uwagę Amerykanów nie pasują do jego nowo ufortyfikowanej federacji. W tym sezonie pojawi się pytanie, jak centralne będą postacie wspierające, gdy wspinają się w szeregach kartelu Guadalajara. W tym przypadku notoryczny król narkotyków Joaquín „El Chapo” Guzmán ma mały epizod w sezonie 1. Na podstawie tego, co mówi nam historia, jego rola nieuchronnie stanie się kluczowa w Narcos: Meksyk sezon 2.